В северной части большого замкового двора расположен Сад Карла Линнея, известного шведского ученого, натуралиста и врача, жившего в 18 веке. Историческая заслуга Линнея заключается в том, что он первым завершил многочисленные попытки систематизации растений и животных и создал наибольшую простую и совершенную для того времени систему. Согласно ей, все единицы можно было разделить на классы, отряды, семейства, роды, и виды. Также Карл Линней ввел для обозначения видов двойную номенклатуру, т. е. родовое и видовое латинские названия, и установил такие название для известных ему животных и растений.

В саду Карла Линнея в Нарвском замке растут растения, названные и описанные самим Линнеем. В зависимости от выбора растений, каждая клумба в саду носит свой характер и подтему, благодаря чему сад разделён на следующие зоны: «Цветник», «Сад дикорастущих растений», «Передвижной сад» и «Oгород». Все зоны радуют глаз посетителя, а растения последних двух зон возможно также употреблять в пищу и использовать в медицине. Содержание и внешний вид «Передвижного сада» и «Oгорода» ежегодно меняется. При создании сада Карла Линнея музей исходил из традиции, возникшей в конце 17 века, когда сады пряностей разбивали вблизи поместий и дворцов, а также замков, потерявших к тому времени свою первоначальную, военную функцию.

Сегодня Сад Карла Линнея - это не только излюбленное горожанами и гостями города место, где можно любоваться красками природы и наслаждаться ароматами пряных трав и садовых цветов, но и площадка для проведения образовательных программ Нарвского музея, а также источник свежей зелени для замкового ресторана Рондель.